哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"( )，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器" "改造

1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。 专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（

一名学生返回神户过暑假。到达那里后，他遇到了他的朋友拉特，在老地方闲逛，听着海滩男孩的音乐，并遇到了一个神秘的双胞胎女孩。