哥斯拉破坏日本多年，〈 对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。

接續前作“哥吉拉 機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（ ）的決戰，機龍（機械哥吉拉 ）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二饰），自己却侥幸活了下来，并被派去

一个月过去了，濑南伤愈归队，同时传出横须贺与碧订婚的消息，队里洋溢着欢乐的气氛。警铃突然响起，小松救难队出动。横须贺驾驶的飞机在雷达上消失了， 直升机投入了搜救行动。川岛临危受命代替受伤的机长驾驶飞