在夏海找到士的时侯，一阵怪风吹过世界各地开始了异变，怪物开始袭击人类。同时，假面骑士 ・渡出现在士的面前并传达给他： 　　「巡游于9个不同的世界，并拯救它们。破坏所有的假面骑士・・・・・・」 　

本剧场版紧接 版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到 - 的时侯，却发现 - 已经

2000年。在长野山中的九郎岳，正在进行某座神秘遗迹的挖掘工作，遗迹内的一具棺木中藏有一个佩戴石化腰带的古尸。孰不知当调查团将棺木开启时，亦因此唤醒了它的死敌『古郎基』。调查团立即遭到未确认生命体的袭

警方為應付未確認生命體而開發了 3系統，這套 3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行解碼